FORO de CONTADORES

A modo de ejemplo, tengo un trabajo por el cual cobro $4000 ($2000 corresponden a honorarios y $2000 corresponden a tasa oficial de un organismo estatal). El cliente transfiere $4000. Si le hago factura por $2000 de honorarios, de qué manera justifico que los otros $2000 son tasas y no son ganancia? Debo emitir algún otro tipo de comprobante para justificar esos $2000. Aclaración: para el trabajo debe transferir inevitablemente las tasas y los honorarios.
Si alguien tiene o tuvo alguna situación similar para compartir, se agradece! Muchas gracias!