Ojalá alguien pueda aclararme esta duda

Soy monotributista cat B/C sin local ni oficina.
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Comencé a brindar un servicio 100% online mediante un sitio web, el mismo es realizar trámites.
Para ello cobro una tarifa plana (ej. de un caso: $500.-) en la cual se incluye: el costo del trámite ($250) + mis honorarios por el servicio ($250).
El usuario paga todo por una Plataforma Online (la más conocida: MP) que permite usar tarjeta de crédito, débito, etc, etc.
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Mi pregunta es ¿como facturar éstos servicios?
A- ¿Facturar solo mis honorarios: $250.-?
B- ¿Facturar mis honorarios + costo trámite: $500.-?
¿Es necesario hacer factura por estos montos bajos o solo pagar la cuota según la categoría?
Quiero aclarar que no es una opción que el usuario pague el trámite y luego mis honorarios por separado porque sería muy complejo.
Muchas gracias